โรงพยาบาลแม่ฟ้าหลวง อำเภอแม่ฟ้าหลวง จังหวัดเชียงราย เกิดจากความร่วมมือระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมูลนิธิ ทอมดูรีย์ เอริเทจ (Tom Dooley Heritage Foundation) โดย Dr. Tom Dooley ภายใต้ชื่อ “โรงพยาบาลสาขาเทอดไทย” โดยใช้อาคารเดิมในหมู่บ้านเป็นอาคารสำนักงาน เปิดให้บริการเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2529 เป็นโรงพยาบาลขนาด 10 เตียง

ปี พ.ศ. 2534 ได้รับโอนเข้าเป็นโรงพยาบาลสังกัดกระทรวงสาธารณสุข

ปี พ.ศ. 2536 อำเภอแม่ฟ้าหลวงได้แยกออกจากอำเภอแม่จัน เป็นกิ่งอำเภอแม่ฟ้าหลวง และโรงพยาบาลได้โอนมาอยู่ในความรับผิดชอบของ สำนักงานสาธารณสุขอำเภอแม่ฟ้าหลวง

ปี พ.ศ. 2538 ได้ย้ายสถานที่มาก่อสร้างโรงพยาบาลแห่งใหม่ และได้รับชื่อว่า “โรงพยาบาลแม่ฟ้าหลวง” โดยเริ่มเปิดให้บริการตั้งแต่วันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2539 เป็นโรงพยาบาลขนาด F2 จำนวน 30 เตียง

ปี พ.ศ. 2566 อ.ก.พ. สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ปรับระดับหน่วยบริการสุขภาพเป็นโรงพยาบาลระดับ F1